Het ontstaan van de Leidse Hortus In 1986 werd besloten de tuin van Clusius opnieuw aan te pakken. Dat was in 1932 ook een keer gebeurd en ook nu werd de Index Stirpium van 1594 het uitgangspunt. Maar nu beschikte men ook over twee nieuwe bronnen van bewijsmateriaal: in 1974 werden de beroemde Libri Picturati, de aquarellen van planten die in opdracht van Clusius en Plantijn waren vervaardigd en als voorbeeld dienden voor de houtsneden, herontdekt in de Jagiellon bibliotheek van de universiteit van Krakow in Polen. Ook het herbarium van de Leidse apotheker Antoni Gaymans, vervaardigd tussen 1660 en 1680 van plantenmateriaal uit de Hortus werd teruggevonden. Aan de hand van deze twee werken werd de juiste levende planten opgespoord. Ongeveer 70% van de soorten en variëteiten uit 1594 was nog verkrijgbaar. Een aantal wilde soorten was moeilijk verkrijgbaar, bijvoorbeeld de planten uit Kreta.
